合作经营合同纠纷索赔需要根据具体情况和法律规定进行处理。一般情况下，可以按照以下步骤进行：
一、收集证据
保留合同、往来账目、书面沟通记录、录音录像等相关证据，证明违约方的违约行为和造成的损失。
二、协商解决
首先尝试与对方协商解决纠纷，达成赔偿协议。如果协商不成，再考虑其他途径。
三、向仲裁委员会申请仲裁
如果合同中约定了仲裁条款，可以向约定的仲裁委员会申请仲裁解决纠纷。
四、向法院起诉
如果合同没有约定仲裁条款或者协商不成，可以向法院提起诉讼解决纠纷。
法院诉讼程序
1、起诉
向有管辖权的法院提交起诉状，支付诉讼费。
2、开庭审理
法院受理案件后，会安排开庭审理。双方当事人应出庭举证质证，陈述意见。
3、调解
法院会主持调解，促成双方当事人达成和解协议。
4、判决
如果调解不成，法院会根据证据和法律规定，对纠纷作出判决。
5、执行
判决生效后，败诉方应按照判决履行赔偿义务。如果败诉方拒不履行，胜诉方可以向法院申请强制执行。
需要注意：
1. 索赔时应注意诉讼时效，一般为合同解除后三年或受损害后一年。
2. 索赔金额应包括直接损失、间接损失、利息损失等。
3. 索赔时可以委托律师代理，有助于维护自身权益。
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